Jeune homme dans la vingtaine, MacGyver crée une organisation clandestine au sein du gouvernement américain, où il utilise son extraordinaire talent pour résoudre des problèmes de façon non conventionnelle et ses vastes connaissances scientifiques afin de sauver des vies. Se joignent à son équipe pour des missions à haut risque autour du monde : Jack Dalton, ancien agent de la CIA non-conformiste; Riley Davis, une pirate informatique imprévisible qui n’en fait qu’à sa tête; Wilt Bozer, colocataire de Mac et nouvel agent dans l’équipe; Matty Weber, une légende et le directeur des opérations à la fondation Phoenix. Sous l’égide du département des services externes, MacGyver prend la responsabilité de sauver le monde, armé jusqu’aux dents de son ingéniosité et d’à peine plus que de la gomme à mâcher et un trombone…