MacGyver se donne pour mission de sauver le monde, armé jusqu’aux dents de son ingéniosité et d’à peine plus que de la gomme à mâcher et d’un trombone… Résoudre des problèmes de façon non conventionnelle, c’est sa marque de commerce! Les défis et obstacles n’arrêtent pas Mac et son équipe dans cette nouvelle saison! Ils montent notamment à bord d’un avion en plein vol, puis découvrent, sous des décombres, une énorme bombe de la Seconde Guerre mondiale. Afin de l’aider à se rappeler d’importantes preuves, Mac est plongé dans un état proche de celui du rêve. Desi infiltre pour sa part une équipe de soccer. Un double rendez-vous devient complètement chaotique quand Mac et Desi sont témoins d’un meurtre derrière un restaurant. Puis, Mac rencontre sa tante Gwendolyn. L’influence que celle-ci exerce sur lui est loin de plaire à toute l’équipe…