FBI nous fait découvrir le fonctionnement interne de l’unité du FBI basée à New York. Ses agents, notamment Maggie Bell et Omar Adom Zidan, mettent à contribution leurs talents, leur intelligence et leur expertise technique afin d’assurer la sécurité des citoyens de la ville et du pays. L’équipe accueille un nouveau membre, l’agente spéciale Tiffany Wallace. Celle-ci se sent parfois tiraillée entre ses nouvelles responsabilités professionnelles et celles qu’elle a envers sa communauté, en tant que femme noire. Des voleurs qui portent des masques d’animaux et le chef d’un cartel de drogue mènent la vie dure à l’équipe d’agents spéciaux! Sur le plan amoureux, Maggie apprend que Nestor n’est pas tout à fait honnête avec elle et des tensions voient le jour entre Omar et sa copine, Mona, lors d’une enquête. Puis, Jobal vit de l’incertitude au sein de sa vie familiale, ce qui affecte son jugement lors d’une situation de prise d’otages…