FBI nous fait découvrir le fonctionnement interne de l’unité du FBI basée à New York. Ses agents, notamment Maggie Bell et Omar Adom Zidan, mettent à contribution leurs talents, leur intelligence et leur expertise technique afin d’assurer la sécurité des citoyens de la ville et du pays. Dans cette deuxième saison, un attentat à la bombe devient vite personnel pour Omar. Maggie remarque quant à elle des similarités entre le meurtre de son mari et celui d’un photographe. De son côté, Kristen s’ajuste à sa nouvelle vie en tant qu’agent de terrain, alors que Jubal a une décision difficile à prendre sur le plan personnel.