À l’approche de Noël, le quatuor découvre une lettre urgente à l’attention non pas du Père Noël mais bien directement à Dieu. Les détectives postaux décident de repousser leurs propres plans de voyages afin d’aider Hannah, une petite fille au souhait bien particulier. Avec l’aide d’un mystérieux volontaire du bureau de poste, l’équipe réalise avec surprise qu’elle fait partie de plus d’un miracle de Noël.

Au cours d'un exercice commun de formation en mer entre les Garde-Cotes et le NCIS, Gibbs et l'agent Borin repèrent un homme décédé, qui se trouve être un membre d'équipage disparu d'un navire à 60 miles nautiques de là. Lorsqu'il se rend à bord pour un interrogatoire, Gibbs s’aperçoit que le bateau est commandé par des pirates.

Elizabeth fait son premier discours devant l’Assemblée générale des Nations Unies condamnant officiellement le groupe terroriste Hizb-al Shahid. Elle aborde la coalition avec le Ministre des Affaires Étrangères de la Russie. Un conflit d’intérêt se crée entre Élizabeth et Henry qui essaie de sauver la sœur de Dimitri du gouvernement russe.

Dans cette finale de saison, les experts font face au tueur de Gig Harbor. Lors de cette ultime confrontation, ses véritables intentions et motivations sont enfin révélées.

La reine Mary, incertaine en qui elle peut avoir confiance, teste son frère James pour assurer sa loyauté après avoir entendu qu’il avait un rendez-vous avec John Knox. La reine Elizabeth accepte d’aider Lord Darnley, dans une tentative de saboter la relation puissante entre Mary et son prétendant.

La famille Conner se dépêche pour rendre la maison d’Allen présentable pour accueillir la famille de Brian pour le souper. Mais la journée devient un enfer. Le traiteur de Mel tombe à l’eau, Rebecca est déjà ivre, Griffin est introuvable. Melissa a presque perdu un patient sur la table d’opération. Brian offense un collègue après avoir sauvé la jambe d’un patient de l’amputation. Au souper, Sandy en a assez de l’insensibilité de Brian et perd patience devant tout le monde y compris sa famille.

En enseignant à Cass comment contrôler un cheval fougueux, Amy réalise à quel point elle excelle dans ce domaine.

À la suite d'une plainte anonyme, Frankie Pulaski, lieutenant aux Affaires internes, débarque pour mener une enquête sur la rumeur de «relations inappropriées» entre Jake et Laura. Une menace de transfert plane et tout le monde est sous tension. Une jeune Brésilienne est retrouvée morte dans un parc. Elle faisait partie d'une agence de filles au pair et d’un réseau d'escortes. Laura et son équipe mènent l'enquête sur cette affaire qui s'annonce particulièrement difficile...

Pour réaliser le souhait d’un marin mourant, Gibbs et son équipe du NCIS ouvrent de nouveau une enquête sur un meurtre qui a été classé comme un accident. Pendant ce temps, l’affaire rappelle à Torres un moment tragique de son passé.

Sherlock et Kitty enquêtent sur le meurtre d'un postier lié au trafic de diamants. Entre temps, Gregson met sa carrière en danger lorsqu'il s'attaque à un jeune policier.

Jamie et Logan arrivent à Caraquet, mais sont stupéfaits de voir qu’il ne s’agit pas du refuge qu’ils espéraient. Lorsque l’équipe trouve un indice afin de localiser Jamie, ils se rendent à Caraquet avec impatience dans l’espoir de la retrouver.

C'est la Saint-Valentin. Tout en enquêtant sur la tentative de meurtre d'une jeune femme qui semblait avoir une liaison extra-conjugale, chaque membre de l'équipe raconte comment s'est déroulée sa soirée de Saint-Valentin afin de déterminer qui a eu la pire.

À Hollywood, le meurtre d'un antiquaire suisse, aussi connu des services de police pour des ventes d'armes illicites, réveille les craintes d'anciens espions internationaux dont l'identité sera compromise à la découverte du carnet d'adresses que tenait la victime. Hetty apparaît sur cette liste noire que son équipe tente de trouver par tous les moyens.

L’affable Jay engage Shade et Angie afin de le suivre car il est convaincu être en grand danger. Avec ce qui semble à première vue être de la paranoïa, les deux détectives se rendent vite compte du casse-tête dans lequel ils sont et doivent vite le résoudre avant qu’il ne soit trop tard.

La saisie de drogue du DEA met Camila dans une position désespérée, maintenant que son produit se fait plus rare. La nouvelle opération de drogue de Brenda cause des tensions entre elle et Tony.

À Los Angeles, l'équipe doit déterminer si le système informatique qui contrôle les missiles russes est en danger après qu'un ami d'Eric, un expert en systèmes informatiques, se soit fait attaquer au cours d'une partie de jeu en ligne. Pendant ce temps, Kensi est choquée quand un visage familier de son passé se présente en Afghanistan.

Sherlock et Watson enquêtent sur un voleur qui a commis un meurtre en dérobant une carte très rare. Entre temps, Watson s'inquiète de l'intrusion de Sherlock dans la vie privée de Kitty, qui commence à reprendre goût à la vie.

Un an plus tard. Philippe ne pratique plus comme avocat et s’occupe de sa fille, Marie-Ange, à temps plein. Dans sa maison de luxe, il devient plus contrôlant encore avec Évelyne, prétextant le bien de leur fille. Évelyne le quitte en emmenant Marie-Ange. Réalisant tout à coup que l’image du bonheur qu’il avait imaginé n’existera plus jamais, Philippe dérape. Incapable de s’imaginer vivre avec ce qu’il a fait, Philippe demande à PLAN B de faire un dernier voyage…

Hetty est à la recherche du meurtrier de Cole et du livre tant convoité dont la possession est devenue un enjeu sanglant. Callen se rend au logement de Cole et découvre que le tueur avait désactivé le système de surveillance vidéo. Cependant, il parvient à récupérer quelques images qui lui apportent la preuve que des Russes sont mêlés à l'affaire. Mattias révèle à Hetty que sa libération a été acceptée en échange du livre. L'agent du NCIS comprend alors qu'une course contre la montre débute.

Sang Min est accusé d'un meurtre qu'il jure n'avoir pas commis. Steve demande à son coiffeur, ancien avocat, de le défendre. L'affaire semble compromise lorsqu'un second cadavre est retrouvé... Sang Min a-t-il été piégé ou a-t-il assassiné ces deux hommes ?

Les anciennes vedettes du défunt groupe R&B En Vogue sont invitées à donner un concert-bénéfice pour sauver le club qui les a fait connaître. Pour concrétiser cette soirée spéciale, elles doivent faire face à des histoires anciennes avec Marty, leur gérant de l’époque qui est également le responsable de la séparation du groupe. Dans l’esprit des fêtes, elles trouvent le courage de pardonner et se réunissent pour ce concert de Noël magique mettant en vedette leurs plus grands succès.

Un mari emploi Shade et Angie afin d’enquêter sur des menaces que reçoit sa femme, une PDG d’une compagnie. Les deux détectives doivent donc plonger dans la double vie d’une femme qui semble ne pas pouvoir dire non à personne. Par ailleurs, le retour de l’ex-femme de Shade vient compliquer sa vie et l’amène à se questionner sur ses choix.

Melinda rencontre l'esprit d'un jeune garçon qui effraye sa mère et sa gardienne.Melinda devra l'aider à accepter sa mort et à repartir de l'autre côté en faisant passer un message à son ancienne gardienne.