Un corps est retrouvé dévoré par des rats de laboratoire sur le campus d'une université. La victime était à la tête du groupe de chant a cappella et semblait préparer un coup majeur. La nouvelle interne engagée par le Jeffersonian est pleine de bonne volonté, mais assez maladroite.

Gibbs et Mcgee se rendent en Afghanistan où un meurtre les mène à découvrir un refuge pour femmes afghanes, secrètement soutenu par Mike Frank pendant plusieurs années.

À la suite de l’attaque de l’Iran, Elizabeth est plus fragile émotionnellement. Elle travaille pour empêcher une catastrophe écologique en Amazonie et se prépare pour une apparition à la télévision nationale. De plus, Henry et elle sont en désaccord concernant le niveau de protection que leur fils Jason doit avoir à sa nouvelle école.

Une mariée meurt lors de son mariage. Alors que le mari retrouve une nouvelle fiancée et qu'il est sur le point de l'épouser, la défunte revient en esprit pour hanter la nouvelle compagne de son mari afin de les empêcher de se marier. La fiancée est bien décidée à quitter son futur mari en le croyant encore épris de son ex-femme. Melinda doit trouver une solution pour réconcilier le couple, mais aussi pour que l'esprit de la mariée passe de l'autre côté.,,

Mitch tente de défendre un homme accusé de vol à main armée, mais la poursuite détient des preuves d´ADN accablantes. Abby et Tammy rassemblent les éléments qui se rattachent à l´affaire Sarah Holt, puis Mitch la confronte avec la vérité.

Jocelyne organise une fête pour courtiser des groupes de vote clés potentiels. Moira sent qu’elle doit faire la même chose.

La quiétude des Roses est interrompue en plein milieu de la nuit alors qu’un nouveau client débarque juste à côté. Cet invité est Roland qui s’est querellé avec Jocelyne. Sa douleur est immense et remet en question l’état de leur propre mariage à Johnny et Moira.

Après avoir reçu des nouvelles dévastatrices, la famille tente de soutenir Georgie.

Ben improvise lorsque Roger se rapproche de la vérité sur Elena. Laura amène sa thérapie à un autre niveau. Elizabeth met de la pression sur Ben afin qu’il termine un projet vital. Julian vient en aide à un ami dans le besoin.

Une avocate d’un ancien client de Bull lui demande de consulter sur la poursuite d’un couple contre une professeure qui aurait eu une relation sexuelle avec leur fils. Cependant, toute sa stratégie souffre d’une importante chute lorsque l’adolescent se range du côté de sa professeure.

Silas Cole, un jeune schizophrène en plein épisode psychotique, se présente au commissariat un fusil dans les bras. Il clame haut et fort être un chevalier et prétend avoir tué la Reine pour la « libérer des démons ». Après avoir maîtrisé la situation, Sherlock part à la recherche de la Reine. Mais l'enquête tourne mal et Sherlock doit justifier ses actions face à un tribunal.

Alors que Georgie fait face à un nouveau défi, Amy intervient pour l’aider. Puis, les pires peurs d’Amy se réalisent lorsque Tim l’accompagne à la clinique de grossesse. Entretemps, Jack doit calmer Katie qui apprend que le vol de Lou a été retardé. Cass est convaincue que Caleb la trompe et Amy est prise entre les deux. Jade est surprise de découvrir une nouvelle facette de Clay lorsqu’il défend sa tante Casey.

Une mariée meurt lors de son mariage. Alors que le mari retrouve une nouvelle fiancée et qu'il est sur le point de l'épouser, la défunte revient en esprit pour hanter la nouvelle compagne de son mari afin de les empêcher de se marier. La fiancée est bien décidée à quitter son futur mari en le croyant encore épris de son ex-femme. Melinda doit trouver une solution pour réconcilier le couple, mais aussi pour que l'esprit de la mariée passe de l'autre côté.,,

Moe, un ancien indicateur de Sam, est victime d'une agression en prison. En enquêtant, le NCIS découvre que cette attaque a été organisée comme un rite de passage par un groupe de terroristes incarcérés avec Moe. Cet événement pousse Sam à se faire passer pour un détenu afin d'infiltrer ces hommes, responsables de plusieurs attentats à travers le monde. Il profite de la présence de Nate, psychologue de l'établissement, pour rendre son personnage crédible et gagner la confiance des suspects.

Mirador est en péril. Une nouvelle tuile s’ajoute au reste : un membre du clan Racine fait face à une nouvelle poursuite. Philippe et Luc décident d’enterrer la hache de guerre et de travailler ensemble pour sauver la situation et l’entreprise. Ce ne sera pas simple: il faudra convaincre Richard de renoncer à la présidence, le faire déclarer inapte, en plus de trouver une solution à un important problème financier. Mais le pire ennemi n’est pas toujours celui qu’on croit…

Gibbs reprend une vieille affaire qu’il avait plus jeune et dans laquelle il était infiltré dans un petit réseau terroriste prévoyant vendre des bombes nucléaires. Ellie Bishop fait le deuil de l’épisode précédent en suivant l’opération Willoughby de près. Alex Quinn fait quelques confidences à Gibbs.

Après que Pride se soit rendu sur une plateforme pétrolière pour enquêter sur un meurtre, l'équipe découvre une fuite de gaz qui est sur le point de provoquer une explosion catastrophique. Pendant ce temps, Sebastian commence son entraînement d'agent spécial du NCIS au FLETEC.

Donald Hauser, un riche gestionnaire qui se trouve au cœur d'un scandale financier, est retrouvé mort dans son appartement. La veille au soir, il a été assassiné alors qu'il tentait de se suicider. Sherlock soupçonne rapidement Chloé Butler, une amie de Watson qui préparait les repas de la victime. Ayant choisi de ne pas parler de cette amitié à Sherlock pour protéger Chloé, Joan se retrouve dans une position délicate.

Jane et Maura doivent éclaircir de vieilles histoires de fantômes afin de résoudre un double meurtre dans un hôpital. Entretemps, Angela essaie de convaincre Frankie d’arrêter d’éviter Kent.

Ce qui commence comme une effraction dans la maison de G Callen conduit à une enquête sur le trafic de puces électroniques.

Lorsqu'une femme est retrouvée assassinée dans la chambre d'hôtel normalement occupée par trois hommes mariés, le 5-0 doit aider ces trois amis à surmonter leur terrible gueule de bois et retracer point par point leur folle nuit pour trouver le tueur. De plus, Jerry est le témoin du kidnapping d'une femme dans les rues d'O'ahu.

Quand Danny accepte un travail comme garde du corps pour un homme récemment libéré après avoir été exonéré, il profite de l'occasion pour enquêter sur le vrai criminel. La femme de Gormley, Sheila, demande à Frank de donner à Gormley un poste de commandement plus important et Jamie et Eddie sont témoins d'une querelle amoureuse entre deux flics qui les amène à réfléchir sur leur propre relation.

Les médecins traitent les patients de l’énorme accident de voiture et un triangle amoureux commence à se construire entre Mario, Angus et Heather. Pendant ce temps, Malaya apprend que Carla est à l'hôpital et elle va à l'encontre des souhaits de Carla et reste à ses côtés lors de la naissance de son bébé.

Avec Kovac toujours en liberté, l'équipe est à la recherche de preuves pour le repérer. Après que l'expérience de Brennan se soit soldée par un échec, le reste de l'équipe doit trouver comment trouver Kovac sans elle, mettant tout ce qu'elle a jamais appris à l'épreuve. Lorsque tous les signes indiquent que Kovac a de l'aide extérieure, ainsi qu'une cachette, Booth et Brennan partent le chercher.

Dans cette finale de série, Terry et Hildy doivent résoudre leur cause la plus complexe jusqu'à maintenant, alors qu'un meurtre horrible les frappe de très près. Siletti comprend que sa victoire en cour vient avec un prix substantiel.