À une semaine du départ d'Angela et Hodgins pour Paris, Bones convainc Booth qu'il est également temps pour eux de changer de vie, entre l'arrivée du bébé et les épreuves endurées cette année. Leur dernière affaire fait alors ressurgir l'ombre de Christopher Pelant lorsqu'un corps écorché est retrouvé planté sur un obélisque dans une mise en scène rappelant les modes opératoires du tueur psychopathe…

Un marine revenu du Moyen-Orient est retrouvé mort à la suite d'une attaque brutale. L'équipe du NCIS questionne alors son ami, le capitaine Joe Westcott, qui semble complètement déboussolé. Gibbs se rend compte que ce dernier souffre du syndrome de stress post-traumatique. Reste à savoir ce qui a déclenché sa crise... et surtout à découvrir qui a tué le lieutenant Michael Torres.

Diane, Cary and Lucca défendent un père en deuil dans un procès en diffamation. Ce dernier a installé un panneau d'affichage accusant un magasin d'armes d’être à l’origine de la mort de son fils. Le rendez-vous d'Alicia et Jason est interrompu lorsqu'Alicia apprend que Grace est accusée d'avoir plagiée son examen d'entrée à l'université.

Deedee fait une visite surprise à sa sœur Moira. Toutes les deux sont encore jalouses et rancunières l’une envers l’autre. David sort de sa zone de confort pour aider un étudiant de Jocelyn à s’intégrer. Pendant ce temps, Alexis se mêle de la relation de Mutt avec Twyla, la fille du café local, en lui donnant des conseils non sollicités. Cette dernière décide de rompre avec Mutt.

C’est l’anniversaire de Moira. Avec l’aide de toute la famille, Johnny veut lui organiser une fête surprise. Mais Moira se retrouve impliquée dans l’organisation de sa propre fête! David doit tout faire pour empêcher sa mère de prendre le contrôle allant même jusqu’à insulter des gens qui offrent de leur temps pour l’événement. Alexis et Johnny ont un moment père-fille lorsqu’ils se rendent à Elmdale pour ramasser le gâteau d’anniversaire.

Afin d’aider une ancienne cliente qui a vu sa vie être détruite par un vol d’identité, Shade et Angie doivent être des agents doubles dans le monde afin d’exposer un spécialiste de l’escroquerie. Pendant ce temps, Shade reçoit des conseils romantiques non sollicités d’Angie, de Jules et de Don.

Rien ne va plus pour Amélie qui trouve refuge chez sa mère! En fine psychologue, Micheline lui suggère de relire le journal intime qu’elle écrivait enfant et l’incite fortement à consulter un psy. Souhaitant se débarrasser une fois pour toutes d’Amélie, Maéva lui tend un piège à l’appartement de François. Alors que Mat tente de faire fuir sa dernière flamme, Marilou se lie d’amitié avec elle et l’instruit sur le caractère particulier de son meilleur ami.

Toujours en congé forcé, Amélie se met en tête de faire la paix avec son passé et ceux qui l’entourent. Elle convainc François et Maéva de participer à la fête de l’amitié qu’elle organise en l’honneur du retour de Marilou. Les réconciliations ne sont toutefois pas évidentes et la soirée dégénère après quelques shooters et la visite surprise de la mère d’Amélie.

Dans cette finale de saison, Ty et Caleb ont du fil à retordre avec un cheval de compétition. Amy participe à une importante course de barils. Jack et Lisa trouvent enfin une solutionà leur problème de relation à distance… ils se marient.

Melinda et Andrea participent à une vente aux enchères avant que le lieu soit détruit. Melinda découvre les esprits de trois jeunes garçons et celui d'un chien qui sont morts dans un incendie qui a ravagé l'orphelinat en 1956. Elle va les aider à passer de l'autre côté en retrouvant leur ancien camarade. Les garçons le croyait mort, mais il a réussi à sortir à temps. Elle va l'emmener dans la maison et elle va discuter avec les jeunes garçons.

Deedee fait une visite surprise à sa sœur Moira. Toutes les deux sont encore jalouses et rancunières l’une envers l’autre. David sort de sa zone de confort pour aider un étudiant de Jocelyn à s’intégrer. Pendant ce temps, Alexis se mêle de la relation de Mutt avec Twyla, la fille du café local, en lui donnant des conseils non sollicités. Cette dernière décide de rompre avec Mutt.

C’est l’anniversaire de Moira. Avec l’aide de toute la famille, Johnny veut lui organiser une fête surprise. Mais Moira se retrouve impliquée dans l’organisation de sa propre fête! David doit tout faire pour empêcher sa mère de prendre le contrôle allant même jusqu’à insulter des gens qui offrent de leur temps pour l’événement. Alexis et Johnny ont un moment père-fille lorsqu’ils se rendent à Elmdale pour ramasser le gâteau d’anniversaire.

Frank doit faire face à un homme qui prétend avoir des preuves d'abus de pouvoir au sein même de la police de New York. Danny et sa coéquipière enquête sur une affaire plutôt étrange.

En plein cœur d’une crise nationale, le destin de Cyrus est scellé. Pendant ce temps, Olivia et ses gladiateurs ne reculent devant rien pour découvrir la vérité.

Alors qu'un tueur à gage, qui a frappé à Detroit, est éliminé par l'un de ses confrères dans les rues d'Oahu, le 5-0 est sous le choc lorsqu'il apprend le mobile du tueur. Pendant ce temps, Chin met sa carrière en jeu pour aider Danny à obtenir l'argent nécessaire pour sauver la vie de son frère.

Melinda et Andrea participent à une vente aux enchères avant que le lieu soit détruit. Melinda découvre les esprits de trois jeunes garçons et celui d'un chien qui sont morts dans un incendie qui a ravagé l'orphelinat en 1956. Elle va les aider à passer de l'autre côté en retrouvant leur ancien camarade. Les garçons le croyait mort, mais il a réussi à sortir à temps. Elle va l'emmener dans la maison et elle va discuter avec les jeunes garçons.

Une femme autochtone est retrouvée assassinée sur une route loin de la ville. Un homme se trouve sur les lieux berçant le corps couvert de sang. Ses empreintes sont partout sur le couteau qui l'a tué. Le suspect ne parle pas et est amené à Saint-Etienne pour une évaluation psychiatrique. L’unité psychocriminelle est convaincue qu’elle détient l’auteur du meurtre, mais lorsqu’un autre corps est retrouvé sur le même tronçon de route avec la même blessure, l’équipe a affaire à un tueur en série.

Lorsque Mitch McDeere défend un nouveau père accusé d'incendie criminel, les plus grands obstacles à l'obtention de la justice ne sont pas les faits ou le droit, mais un juge avec un ordre du jour choquant. Tammy et Ray font équipe pour résoudre les questions sans réponse à propos de Sarah Holt accusée du meurtre d'une femme âgée. Pendant ce temps, Abby fait face à une décision parentale difficile quand Claire lui réclame un téléphone cellulaire.

Frank doit faire face à un homme qui prétend avoir des preuves d'abus de pouvoir au sein même de la police de New York. Danny et sa coéquipière enquête sur une affaire plutôt étrange.

Les chauves-souris pullulent à Rio de Janeiro. Chloé et Mitch infiltrent les favelas pour tenter d'enrayer la situation, mais ils sont kidnappés par le gang qui fait la loi dans le quartier. On ne leur laissera la vie sauve que si Mitch parvient à bricoler un dispositif pour éloigner les chauves-souris. Avec le maigre matériel informatique qu'on lui apporte, il doit faire mine d'être optimiste et gagner du temps en attendant qu'Abraham les retrouve.

Un homme est assassiné et sa compagne est enlevée selon le mode opératoire d'un tueur en série tué des années auparavant par la police. Dan Hauser, qui avait travaillé sur cette affaire à l'époque, obtient une autorisation exceptionnelle de sortie de prison pour faire avancer l'enquête. Si le prétendu imitateur suit le mode opératoire du tueur en série, Rachelle, la compagne de la victime, n'a plus que quelques heures à vivre avant de finir à Central Park à minuit pour la Saint Valentin.

Dans le cadre de la normalisation des relations entre les États-Unis et Cuba, Carlos Hernandez, un haut dirigeant cubain, arrive à New York avec son épouse. Laura et Jake sont chargés de leur sécurité. Mais dès leur arrivée, le chef de la sécurité de la délégation cubaine est assassiné. Laura ne croit pas à une simple agression qui aurait mal tourné. Laura et ses collègues redoublent de vigilance pour protéger Carlos qui doit prononcer un discours devant l'assemblée générale des Nations Unies...

Jean Béliveau songe sérieusement à la retraite, mais les arguments de Hartland Molson, Sam Pollock et,de Henri Richard ainsi que le soutien inconditionnel d’Élise finissent par le convaincre de jouer une autre année. La saison débute difficilement avec Claude Ruel, le premier coach francophone de l’histoire des Canadiens. Aux difficultés internes de l’organisation s’ajoutent les évènements de la crise d’octobre et denouveaux problèmes de santé pour Béliveau.

Rowan est pris par surprise lorsque quelqu’un de son passé refait surface et Olivia doit prendre une décision importante à propos de la campagne. Autre part, des flashbacks révèlent exactement ce qui s’est passé le soir du meurtre de Francisco Vargas.

Après un bombardement politique en Angola, Élizabeth doit trouver une façon de répondre à un mémo de contestation provenant du Bureau des Affaires Africaines qui critique le manque d’attention de l’administration Dalton dans l’élection prochaine de l’Angola. Aussi, Russell demande l’aide d’Élizabeth afin d’amener le Président Dalton au scrutin en Ohio alors qu’Henry et Jose se rapprochent de localiser les antiquités volées par Hizb al-Shahid.

Bull doit trouver une façon de renverser l’effet négatif que son client, un chirurgien égocentrique poursuivi pour une faute professionnelle, a sur les membres du jury. Aussi, Bull engage l’avocate Liberty Davis, lorsqu’il décide que Benny n’est peut-être pas assez sympathique pour les jurés.

Le corps démembré d'une golfeuse à succès, Phyllis Paul, amène les enquêteurs dans le monde de la compétition régionale de Lumber Sports. À cette compétition, Booth et Brennan découvrent de nombreux secrets qui auraient tous pu conduire au meurtre de Phyllis. Pendant ce temps, Hodgins analyse en secret une bactérie trouvée sur un corps qui pourrait innoncenter Zack.